黄芩，“味苦，平。主诸热，黄疸，肠澼泄痢，逐水，下血闭，恶疮疽蚀，火疡。”（《本经》）
黄芩泻实火、除湿热。其性寒也 凡壮热烦渴，肺热咳嗽，湿热下利，黄疸热淋，吐衄崩漏，目赤肿痛，胎动不安，痈肿疔疮并皆治之。《经》谓主诸热者，乃气血分热，风热，湿热，痰热，五脏六腑之热也。陈修园、徐灵胎以黄芩色黄属脾土，其中空似肠胃，为肠胃湿热之用药；黄元御以黄芩清相火，止呃逆，除痞热，退郁蒸，为肝胆少阳经之用药，所论或稍有局限，黄芩之用也广。
《伤寒论》葛根芩连汤治伤寒表证未解，医反误下，邪陷阳明致成热利，黄芩清泄里热，苦坚胃肠以止利，今用于温病初起，即见下利壮热，烦躁口渴，小便短赤，所利之物臭秽异常，肛门灼热疼痛者；黄芩汤治身热口苦，腹痛下利脓血，黄芩清热解毒治痢也，今用于急性痢疾肠炎，又用于寒邪深伏，已经化热之温病，黄芩苦寒直清气分之实热邪火也；小柴胡汤本治寒热往来之中风，大柴胡汤治发热、汗出之少阳热结，其法亦为后世采用治疗暑温时疫之湿遏热郁，三焦不利，肝胆相火炽盛者，惟必用黄芩以泻伏热郁火也；干姜芩连人参汤治伤寒本自寒下，脾气内陷，下利益甚，呕吐弥增，拒食不纳，黄芩泄热于上，干姜温中，人参益胃，阴阳升降复常，寒热格拒自然可愈；泻心汤四方皆治伤寒心下痞满，皆重用黄芩泄郁火热结也。
外感疫毒、湿温，黄芩皆系要药 《医方集解》普济消毒饮治大头瘟流行蔓延甚广，恶寒发热，头面红肿焮痛，目难开，咽喉不利，舌燥口渴，黄芩清热解毒，消肿逐水也；东垣二黄汤（黄芩、黄连（俱用酒炒），甘草各等份）亦治大头天行疫病；三黄石膏汤（生石膏3钱，黄芩、黄柏各2钱，豆豉半合，麻黄1钱，栀子5枚）治瘟证高热发狂不识人，其力甚雄。
《温热经纬》甘露消毒丹重用黄芩、滑石、茵陈三药治湿温时疫，邪在气分之发热困倦，胸闷腹胀，发黄颐肿等证，夏令暑湿季节最为常用。贵州陈慈煦氏以之治疗不明原因持续高热，其证或有寒战，入夜盗汗，微咳，膝关节时而酸痛，口渴而思热饮。余认为凡属湿热瘀滞气分者，无论沙门菌属感染、伤寒、病毒感染抑或不明原因之发热，皆可辨而用之。
黄芩凉血止血 《金匮》泻心汤，以大黄、黄芩、黄连治邪火内炽，迫血妄行以致吐血衄血者，气火下降，血亦渐趋宁静也，今用治胃、十二指肠溃疡出血者。
贵州陆鸿宾氏以黄芩加养阴、清凉、除湿之药，为养阴清膈汤、滋阴凉血汤、清络清营汤，治疗无症状之顽固持续性肾小球炎性血尿，每有显效也。又用黄芩与龙胆、栀子、知母等清泄肝胆三焦命门相火，治疗冬至后发作之顽固性鼻衄。此非一般之邪热，乃内生阳气所过也。
吴让德氏有清凉止血汤（黄芩、阿胶珠、茜草根、侧柏叶、生地各30克，甘草15克）治鼻血、吐血不止者。吐衄反复发作难止，量多血色鲜红者，直须此类大剂凉血止血药如本方者。
下血及吐衄，妇人血崩，血色暗淡，四肢不温，面色萎黄，舌淡苔白脉沉细无力者，黄土汤以黄芩苦以坚阴，合以温阳健脾，滋阴养血之药，刚柔相济，乃脾气虚寒血证之良方也。
黄芩兼行冲脉，古方一味子芩丸，治女子血热经水暴下不止者甚效。余治子宫肌瘤不正常出血者，以子宫气血分之湿热也，每以芩连四物汤为主治方，此北京刘奉五先生经验也。胎动不安，若为血虚湿热类证，黄芩坚阴清热，血复而湿热去，故胎安也。
黄芩又为痰热类证要药，其所以除痰，亦去湿热之药效也，痰多湿热所酿成也。王隐君滚痰丸（大黄酒蒸、黄芩酒洗各8两，礞石1两煅金色，沉香5钱。水泛丸。）主治实热老痰，发为癫狂惊悸，或怔忡昏迷，或咳喘痰稠，或胸脘痞闷，或眩晕痰多，大便秘结，舌苔黄厚而腻，脉滑数有力者。用本方得当，可治数十种病证，余常以之治精神分裂症、老年痴呆、呼吸道感染、急性肺炎、梅尼埃综合征、溃疡性结肠炎、疫毒性感冒、多发性疖肿之属痰热内蓄者。
